私はMT3.3からしか、まともにカスタマイズしたことないので以前のバージョンのことは分からないのですが、
MT3.11以前はプラグインを使わないと、サブカテゴリの機能がうまく動作しなかったようですね。
カテゴリ A
カテゴリ B
○カテゴリ C (B のサブカテゴリ)
カテゴリリストは、下記のようにします。
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<MTSubCategories>
<MTSubCatIsFirst><ul></MTSubCatIsFirst>
<li>
<MTCategoryLabel>
<MTSubCatsRecurse>
</li>
<MTSubCatIsLast></ul></MTSubCatIsLast>
</MTSubCategories>
----------------------------------
これで、カテゴリーのリスト表示は OK です。
MT3.3ではデフォルトでサブカテゴリも表示されるのであまり必要ないかも。